Hassas İlaç ve İlaç Direnci
ÖNCEKİ DENEYİM
Doktora Sonrası Araştırmacı
2016-2020
Kanser Araştırma Enstitüsü, Evrim ve Kanser Merkezi, Londra, Birleşik Krallık
Postdoctoral Researcher
2012-2016
Tıp ve Sağlık Bölümü, Biyoloji Fakültesi, Manchester Üniversitesi, Manchester, Birleşik Krallık
EĞİTİM
Ph.D
2008-2012
Kanser Araştırması İngiltere Manchester Enstitüsü, Manchester, Birleşik Krallık
B.Sc
2002-2007
Biyolojik Bilimler Bölümü, Orta Doğu Teknik Üniversitesi, Ankara, Türkiye
ARAŞTIRMA ÖZETİ
Kanserde Hassas Tıp ve İlaç Direnci Laboratuvarında, kanserde ilaç direncinin altında yatan mekanizmaları anlamayı amaçlamaktayız. Amacımız, kanserlerin nasıl evrimleştiğini ve tedavilere karşı nasıl direnç geliştirdiğini incelemektir. Stromal fibroblastlarla kantitatif in vitro 2D / 3D ortak kültür sistemleri geliştirerek ilaç direncinin eyleme geçirilebilir mekanizmalarını tanımlamak öncelikli hedeflerimiz arasındadır. Bunu gerçekleştirirken, tek hücreli barkodlama ve yeni nesil dizileme teknolojilerinden yararlanıyoruz. Buna paralel olarak hastaya özgü ilaç direncini daha iyi ele almak için, preklinik bir model sistemi olarak ex vivo Hastadan Türetilmiş Organoidler (PDO'lar) üretiyoruz. Son olarak, kanserde karar verme süreçleri için çok önemli olan bilgilerin elde edilmesini, yönetilmesini ve çıkarılmasını sağlamak için histopatolojik WSI'ler için derin öğrenme modelleri geliştirmek ve optimize etmek üzerinde çalışıyoruz.
SEÇİLMİŞ YAYINLAR
A. Acar, A. Hidalgo-Sastre, MK. Leverentz, CG. Mills, S. Woodcock, M. Baron, GM. Collu, K. Brennan “Inhibition of Wnt signalling by Notch via two distinct mechanisms” Scientific Reports, In Press (2021)
GD. Yalcin, N. Danisik, RC. Baygin, A. Acar “Systems biology and experimental model systems of Cancer” Journal of Personalized Medicine, 10.3390/jpm10040180 (2020).
G. Caravagna, T. Heide, M. Williams, L. Zapata, D. Nichol, K. Chkhaidze, W. Cross, GD. Cresswell, B Werner, A. Acar, CP. Barnes, G. Sanguinetti, TA. Graham, A. Sottoriva “Subclonal reconstruction of tumors using machine learning and population genetics” Nature Genetics, 10.1038/s41588-020-0675-5 (2020).
A. Acar, D. Nichol, J. Fernandes-Mateos, G. Cressswell, I. Barozzi, SP. Hong, N. Trahearn, I. Spiteri, M. Stubbs, R. Burke, A. Stewart, G. Caravagna, B. Werner, G. Vlachogiannis, C. Maley, L. Magnani, N. Valeri, U. Banerji, A. Sottoriva “Exploiting evolutionary steering to induce collateral drug sensitivity in cancer” Nature Communications, 10.1038/s41467-020-15596 (2020).
Spiteri, G. Caravagna, G. Cresswell, A. Vatsiou, D. Nichol, A. Acar, L. Ermini, K. Chkhaidze, B.Werner, R. Mair, E. Brognara, G. Sanguinetti, SGM Piccirillo, C. Watts, A. Sottoriva “Evolutionary dynamics of residual disease in human glioblastoma” Annals of Oncology, 10.1093 (2019).