ARAŞTIRMA ÖZETİ
Kromatinin hücre kader kararları üzerindeki rolünü araştırıyoruz. Embriyonik gelişim sürecinde, zigot bölünüp farklılaşarak embriyoyu oluşturur. Gelişim safhalarındaki gen ifade değişiklikleri hem konumsal hem de zamansal olarak hassas bir şekilde kontrol edilir. Bir genin kromatin coğrafyası o genin aktivitesi ve açıklığını etkiler. Embriyonik kök hücre farklılaşmasını hücre kader değişimlerinin in vitro modeli olarak kullandığımız laboratuvarımızda, kromatinin gen ifadesini nasıl kontrol ettiğini çalışıyoruz. Genom düzenleme (CRISPR), moleküler, transkriptomik ve proteomik yaklaşımları kullanarak temel gen ekspresyon yollarını ve mekanizmalarını belirlemeyi amaçlıyoruz. Ayrıca, laboratuvar çalışmalarımızı destekleyecek şekilde, yüksek çıktılı verilerimizin analizini ve birbiriyle ilişkilendirilmesini sağlamak amacıyla biyoinformatik yaklaşımları benimsiyoruz.
SEÇİLMİŞ YAYINLAR
Sezginmert D, Guven G, Alganatay C, Ak D, Terzi Çizmecioğlu N. (2025). SET domain containing 3 (SETD3) interacts with bromodomain-containing protein 2 (BRD2) and coordinates its chromatin association in mouse embryonic stem cells. FEBS J. 2025 Sep 13. doi: 10.1111/febs.70261. PMID: 40944926.
Alganatay C, Balbasi E, Tuncbag N, Sezginmert D, Terzi Çizmecioğlu N. (2024). SETD3 regulates endoderm differentiation of mouse embryonic stem cells through canonical Wnt signaling pathway. FASEB J. 2024 Feb 29;38(4):e23463. doi: 10.1096/fj.202301883R. PMID: 38334393.
Terzi Cizmecioglu N, Huang J, Keskin EG, Wang X, Esen I, Chen F, Orkin SH. (2020). ARID4B is critical for mouse embryonic stem cell differentiation towards mesoderm and endoderm, linking epigenetics to pluripotency exit. J Biol Chem. 295(51):17738-17751. doi: 10.1074/jbc.RA120.015534. PMID: 33454011.
Church VA, Pressman S, Isaji M, Truscott M, Cizmecioglu NT, Buratowski S, Frolov MV, Carthew RW (2017). Microprocessor Recruitment to Elongating RNA Polymerase II Is Required for Differential Expression of MicroRNAs. Cell Rep 20 (13), 3123-3134.
Terzi, N., Churchman, L. S., Vasiljeva, L., Weissman, J., and Buratowski, S. (2011). H3K4 trimethylation by Set1 promotes efficient termination by the Nrd1-Nab3-Sen1 pathway. Mol Cell Biol 17, 3569-83.
